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La química orgánica se diferencia de la inorgánica principalmente en el foco de estudio. Debido a que la química orgánica estudia estructuras moleculares asociadas al carbono como compuestos esqueleto, en cambio la química inorgánica se encuentra asociada a compuestos que no presentan carbono en su estructura.
Antiguamente la diferencia se realizaba pensando que la química orgánica era la que provenía de seres vivos y la inorgánica para los minerales
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