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La niña es hallada por los hijos de Willow Ufgood , un granjero aficionado a los trucos de prestidigitación que aspira a convertirse en hechicero ya que posee latentes habilidades mágicas, sin embargo no pasa la prueba puesta por el hechicero de la aldea para ser su aprendiz ya que carece de confianza en sí mismo. Tras un ataque del ejército de Bavmorda a su villa, Willow es elegido para integrar una comitiva que lleve a la bebé a tierras Daikini para buscar alguien que asuma su cuidado. En su travesía, el primer humano que Willow encuentra es un guerrero Daikini llamado Madmardigan , condenado a morir de hambre y sed en una jaula de tortura por ser un mujeriego y saqueador. Aunque Willow siente recelo de tal sujeto, se ve presionado a entregarla por los demás Nelwyns desean deshacerse pronto de la bebé para volver a la comodidad de su vida y por Madmardigan desea que lo liberen.
Poco después Willow se separa de su comitiva cuando Elora es robada por un par de Brownie . Willow es llevado ante la gran Reina del Bosque, Cherlindrea , quién le dice que Elora Danan, lo eligió como su guardián y protector. Tras unirse a Madmardigan, quien ha aceptado acompañarlos hasta encontrar a Raziel, y los brownies, Willow inicia su viaje. Tras ser capturados por Sorsha, Willow y sus amigos son llevados al castillo de Nockmaar por Sorsha, pero Madmardigan accidentalmente es encantado con un hechizo brownie de amor temporal y se dedica a cortejar a Sorsha, quien se ve cautivada por las palabras del guerrero al no tener experiencia en tales situaciones ya que su madre solo la crío para ser una asesina despiadada.
Madmartigan tiene la oportunidad de unirse a ellos, pero proclama su lealtad a los Nelwyn y promete proteger a Willow y Elora. Durante su viaje Fin Raziel enseña magia a Willow confiando que su potencial mas la varita sea suficiente para devolverla a su forma humana, sin embargo solo logra convertirla en una bestia diferente con cada intento. Durante la lucha, Sorsha se da cuenta de que siente algo por Madmartigan y decide unirse a él y Willow para oponerse a su madre. Willow accidentalmente convierte un trol en un Eborsisk y comienza a atacar todo lo que ve.
El ejército de Airk, Willow y los demás llegan a Nockmaar para asediar, pero Bavmorda convierte a la mayoría en cerdos. Willow se escapa cuando Raziel le hace usar un hechizo para evitar la transformación. Sorsha lleva a Willow y Raziel a la cámara ritual, interrumpiendo la ceremonia. Confiada en que un simple Nelwyn no es una amenaza para ella solo se burla de él cuando Willow le advierte que usará una magia más allá de las capacidades de Bavmorda para enviar a Elora a un lugar donde ella no podrá dañarla, tras lo cual hace desaparecer a la bebé para estupefacción de la reina que efectivamente es incapaz de comprender tal hechizo.
Willow explica a sus amigos que simplemente escondió a la bebé y engañó a la reina con un truco de prestidigitación que usaba en su aldea para entretener a los demás. Raziel obsequia a Willow un libro de hechizos que este se dedica a estudiar en su viaje de regreso. Al volver a su aldea, Willow se reencuentra con su amada esposa, sus hijos y demuestra sus poderes ante los asombrados aldeanos