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Genalogía hidalga
Hijo de José de Zañartu y Palacios y Antonia de Iriarte y Lizarralde, perteneció a una familia de la baja nobleza vasca; de hecho, parte de sus ancestros ocuparon puestos concejiles en su pueblo natal, los cuales antaño estaban reservados a personas que acreditaran ser hidalgos. El progenitor era un próspero comerciante de productos agrícolas, y poseía graneros y bodegas en Valparaíso y tierras cerca de lo que ahora se llama Concón las cuales le fueron concedidas por el virrey de la época.
Algunos pasajes de su infancia, su adolescencia y su adultez
Luis Manuel llegó a Chile junto a sus padres en 1730. Ese mismo año fue puesto bajo la dirección de un preceptor jesuita, para después educarse en el Convictorio jesuita de San Francisco Javier de Santiago.
Al cabo de cierto tiempo, fallecieron sus padres y, como único hijo, se convirtió en su heredero universal, transformándose en uno de los sujetos más ricos del reino.
Pasaron los años, y el joven Luis Manuel recibió noticia de su hermana Margarita, de que sus heredades en España habían sido gravadas con los acostumbrados impuestos cobrados a los pecheros (no nobles), lo cual ciertamente lo indignó. Por esto, en abril de 1755 se resolvió viajar a España con el objeto de demostrar su calidad social y, con ello, impugnar y dejar sin efecto el cobro de tales gravámenes. Así, pues, en 1757 Zañartu otorgó poder al presbítero Juan José de Araos y Otálora para que lo representase ante el ayuntamiento de Oñate, y entablase juicio de ejecutoria de nobleza. Logró su cometido y fue declarado "caballero hijodalgo de casa y solar conocido"; a la vez, obtuvo que se suspendiera definitivamente el impuesto sobre sus bienes.
Al año siguiente regresó a Chile, trayendo diversos artículos y mercaderías; luego, contrajo matrimonio en Santiago, el 24 de septiembre de 1758, con María del Carmen Errázuriz y Madariaga, natural de dicha ciudad, hija de Francisco Javier de Errázuriz y Larraín (el fundador de su linaje en Chile) y de María del Loreto Madariaga y Lecuna Jáuregui. Este matrimonio solo engendró dos hijas: Teresa de Jesús Rafaela (nacida en 1759) y María de los Dolores (nacida en 1761), a quienes su padre confinó de por vida en un convento de la capital chilena. María del Carmen falleció el día 1 de enero de 1772, producto de haber contraído el chavalongo, probablemente tifus, que le arrebató la vida.
Panorama social de su marco de acción
La sociedad colonial chilena se debatía, bien entrado el siglo XVIII, en una profunda degradación moral, al punto de que las riñas callejeras, los desórdenes públicos, las masacres, la prostitución y otros vicios, no lograban sorprender a nadie. Varias fueron las iniciativas tomadas por parte de las autoridades para acabar con semejantes tropelías, pero todas resultaban estériles tentativas de encauzar por el camino de la rectitud a quienes cometían estas fechorías. Zañartu consideraba estas situaciones como indignas para el ideal de pueblo civilizado y le aterrorizaba que sus hijas se enfrentaran a esta sociedad degradada moralmente. Este pensamiento sellaría el destino de sus dos hijas.
Luis Manuel de Zañartu advirtió prontamente, una vez que entró en años y comenzó a conseguir éxito en sus negocios mercantiles, aquel estado de abyección social. El historiador chileno Francisco Antonio Encina le atribuye una potente personalidad, unida a un carácter marcadamente inflexible y severo, elementos que considera propios de un alma vascongada: