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Aunque muchas veces el registro fósil está incompleto, bien porque no se fosilizaron, no se han conservado, o porque aún no se han encontrado, en algunos casos sí se ha podido reconstruir su filogenia. Es decir, series completas, ordenadas de especies más antiguas a más modernas.
Estudiando los fósiles se puede observar cómo unas especies se han transformando en otras. Incluso se puede reconstruir cómo se fueron adaptando a las nuevas condiciones ambientales del medio.
Algunos fósiles, los fósiles transicionales, son formas intermedias entre dos grupos de seres vivos. Por ejemplo el Archaeopterys tiene características típicas de los reptiles (cola y dientes) y de las aves (plumas), lo que demostraría que las aves actuales evolucionaron a partir de algunos reptiles.