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En filosofía de la ciencia, la distinción entre historia interna e historia externa de una teoría científica (o de la ciencia entera) fue propuesta por Imre Lakatos en su libro La metodología de los programas de investigación científica. La historia interna de una ciencia es su reconstrucción racional a la luz de una metodología concreta, como el inductivismo, el convencionalismo el falsacionismo o la metodología de los programas de investigación. Esta reconstrucción explica el modo en que unas primeras teorías han sido sustituidas por otras, dando así lugar a un progreso científico. En cambio, la historia externa es la ídentificación de las circunstancias sociales, políticas, económicas, etc. que han podido influir en el desarrollo de esa ciencia.
Lakatos afirma que las metodologías que requieren un gran uso de la historia externa para la explicación de los hechos científicos son peores que las que consiguen explicarlos en la historia interna. Esta argumentación la hace apoyándose a su vez en su metodología, definiendo una meta-metodología basada en sus programas de investigación con la que evalúa las antes citadas y la suya propia. Como resultado, concluye que la metodología de los programas de investigación explica internamente mayor número de hechos históricos que las anteriores, por lo que es adecuada para su uso por parte de los historiadores de la ciencia.
Por supuesto, y así lo reconoce este autor: «la historia de la ciencia es siempre más rica que su reconstrucción racional. Pero la reconstrucción racional o historia interna es primaria, la historia externa es solo secundaria ya que los problemas más importantes de la historia externa son definidos por la historia interna».
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