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Ya se habían propuesto varias ideas evolucionistas para explicar los nuevos descubrimientos de la biología. Hubo un apoyo cada vez mayor a estas ideas entre los anatomistas disidentes y el público en general, pero durante la primera mitad del siglo XIX la comunidad científica inglesa estaba estrechamente vinculada a la Iglesia de Inglaterra, mientras que la ciencia era parte de la teología natural. Las ideas sobre la transmutación de las especies fueron controvertidas, ya que entraban en conflicto con las creencias de que las especies eran parte inmutable de una jerarquía diseñada y que los seres humanos eran únicos, sin relación con otros animales. Las implicaciones políticas y teológicas fueron debatidas intensamente, pero la transmutación no fue aceptada por la corriente científica. El libro fue escrito para lectores no especializados, y suscitó un gran interés a partir de su publicación. Como Darwin era un científico eminente, sus conclusiones fueron tomadas en serio y las pruebas que presentaba generaron un debate científico, filosófico y religioso. El debate sobre el libro contribuyó a la campaña de Thomas Huxley y sus compañeros del X Club para secularizar la ciencia, promoviendo el naturalismo científico.
En dos décadas hubo un acuerdo científico general de que había ocurrido la evolución, con un patrón ramificado de descendencia común, pero los científicos tardaron en darle a la selección natural la importancia que Darwin creía conveniente. Durante el «eclipse del darwinismo» desde 1880 hasta la década de 1930, se dio más importancia a otros mecanismos de evolución. Con el desarrollo de la Síntesis evolutiva moderna en los años 1930 y 1940, el concepto de Darwin de la adaptación evolutiva por selección natural se convirtió en fundamental para la teoría moderna de la evolución, ahora concepto unificador de las ciencias de la vida.
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