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Los puentes de hidrógeno, o enlaces de hidrógeno, se producen en compuestos que tienen en su molécula un átomo de H y otro de un elemento fuertemente electronegativo. Por ejemplo, la molécula de H2O consta de un átomo de O unido mediante dos enlaces covalentes a dos átomos de H; debido a la elevada electronegatividad del O, éste tira fuertemente hacia sí del par electrónico de enlace, quedando el O con una cierta carga eléctrica negativa y el H con una cierta carga positiva. Esto hace que el O de una molécula y el H de la molécula vecina se atraigan con una fuerza moderadamente intensa, que no llega a la de un enlace covalente, pero sí es suficientemente intensa como para agregar todas las moléculas formando una especie de ordenación entre todas las moléculas. Esto tiene grandes repercusiones en las propiedades de la sustancia. Por ejemplo, el agua debería ser un gas en condiciones ambientales, pero debido a esta agrupación de las moléculas, permanece en fase líquida hasta los 100 ºC.
Enlaces de H también se dan en compuestos que tienen H y F, H y N.
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