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Debido a la alarmante impunidad, en Colombia el sistema de justicia no ofrece la seguridad de que los crímenes cometidos sean juzgados y castigados. Por ello, no se sanciona a la mayor parte de delincuentes y no se castiga los delitos que cometen. Al respecto, la ONU considera que a la fecha la impunidad en homicidios oscila entre 86 y 94 %; en tanto que para el Centro de Estudios sobre Impunidad y Justicia el índice de impunidad en el país, en 2017, fue de 66.57 puntos, donde 100 es muy impune, lo que nos coloca en el octavo lugar entre 69 países estudiados. Por su parte, Néstor Humberto Martínez, al asumir la Fiscalía General de la Nación, manifestó que ante 3.5 millones de delitos solo se producían 51.000 sentencias, lo que quiere decir que se presentaba un 99 % de impunidad.
Esta situación se debe a la ineficiencia y negligencia del aparato judicial, como se evidencia con las libertades por vencimiento de términos; también en ocasiones la falta de recursos dificulta la gestión para obtener evidencias; en otras, porque los operadores judiciales se dejan intimidar de los encartados con la justicia, y, en no pocos casos, a causa de la corrupción de las autoridades judiciales, que aceptan sobornos de los sindicados o incluso los presionan para que compren sus decisiones, lo que se demuestra con las graves acusaciones de corrupción en que se han visto comprometidos magistrados de las altas cortes.
Dadas estas circunstancias, no opera u opera poco la justicia encargada de castigar las infracciones a la ley penal; no actúa la obligada a investigar y sancionar al infractor de acuerdo con la falta cometida, bajo el entendido de que si alguien comete un delito debe ser castigado, ya que la garantía de la represión de los crímenes concierne al ejercicio de los derechos y libertades públicas de la ciudadanía.
Por esta razón se presenta impunidad y la justicia envía dos deplorables mensajes a la sociedad: el primero, que el crimen paga. Y así, la ausencia, debilidad o escasa probabilidad de sanciones por falta de pena brinda oportunidades y alicientes para violar la ley. De esta forma, se hace atractivo delinquir puesto que el riesgo de ser castigado es mínimo, lo que aumenta el beneficio que obtiene el delincuente por cometer un delito. El segundo, es el de la incapacidad del Estado para garantizar los derechos, libertades e intereses de los ciudadanos, o, en palabras del artículo 2 de nuestra Constitución, de proteger vida, honra, bienes, creencias y demás derechos y libertades, lo que deja un vacío institucional en que puede ocurrir que si el Estado no aplica la justicia alguien buscaría ejercerla.
Así, el no castigo de los crímenes cometidos, se constituye en uno de los factores principales del crecimiento de la delincuencia, la inseguridad y la violencia, fortalece la corrupción y brinda mecanismos para reproducirla, abre cauce a la justicia privada, motiva a que la ley no se cumpla, contribuye al menoscabo de la justicia y de sus valores éticos, aporta al deterioro y descrédito de las instituciones y corroe la reputación y la confianza de los colombianos en la justicia, tal como lo demuestra la última encuesta de Gallup en la que el 82 % tiene opinión desfavorable del sistema judicial.