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En 1909, en la Biblioteca Real de Copenhague (Dinamarca), fue descubierto un antiguo manuscrito de 1.180 páginas. Su publicación facsimilar (realizada por el Instituto Etnográfico de París) se hizo años más tarde, en 1936. Este manuscrito, redactado hacia 1615, en español y abundante en ilustraciones, tenía el formato de una obra dedicada al entonces rey de España, Felipe III y es un documento muy valioso que recoge datos sobre el Perú de finales del siglo XVI y los primeros del siglo XVII. El manuscrito (aún se conserva en Dinamarca) está firmado por Felipe Guamán Poma de Ayala, natural de Huamanga. Esta obra, de altísimo valor histórico, tiene un objetivo concreto: retratar la realidad andina y solicitar a la Corona española una reforma del gobierno colonial para salvar al pueblo andino de la explotación, las enfermedades y las mezclas raciales. Es una obra valiente, en la que el autor describe abiertamente su punto de vista en relación con los abusos cometidos por las nuevas autoridades, aunque acepta gustoso su presencia como agentes civilizadores. Puede decirse, además, que la obra tiene una óptica aristocrática: Guamán Poma no ve con justicia el nuevo statu quo, en el que hay antiguos caciques despojados de su autoridad, y nuevos advenedizos, títeres de los españoles, gobernando sobre tierras que no les pertenecen.
No se sabe a ciencia cierta la fecha de nacimiento de Felipe Guamán Poma de Ayala, ni el de su muerte, aunque existen indicios que permiten afirmar que no nació en San Cristóbal de Suntuntu (Lucanas, Ayacucho) como se pensaba antes, sino en el barrio de Andamarca de Huamanga colonial (Ayacucho) en 1556, si se considera que tenía efectivamente ochenta y ocho como afirma en su obra, habría fallecido en 1644 en la Ciudad de los Reyes (Lima). Se sabe que la familia de Guamán Poma es de noble origen gracias a su esposa la cacica María Yupanqui. En Huamanga se asentaba un grupo yaro sin que exista un entroncamiento fehaciente con la familia del cronista, al igual que se hiciera en otra época con los chachapoyas. Esta convivencia bien podría ser el origen del feroz ataque que Guamán Poma hace a los chachapoyas en su Nueva Corónica y Buen Gobierno, así como su visión negativa de los efectos de las mezclas entre comunidades distintas.
El abuelo de Guamán Poma (a veces lo llama bisabuelo) fue Guamán Chaua, una especie de virrey de los yarovilcas, capitán general del Chinchaysuyo y «segunda persona de Topa Ynga Yupanqui como en Castilla el excelentísimo señor Duque de Alva» [...]. Al parecer, Guamán Chaua habría acompañado al Sapa Inca a las conquistas de Chile y de Quito. También se sabe que fue quemado vivo por las huestes de Francisco Pizarro y Diego de Almagro en el Cusco.
Su padre fue posiblemente Guamán Mallque, y su madre, una supuesta hija menor del inca Túpac Yupanqui, Curi Ocllo (por otro nombre Juana Chuquitanta). Cuenta Guamán Poma que su padre, durante la batalla de Huarina (1547), salvó la vida del capitán Luis Dávalos de Ayala, natural de Vizcaya, y que por ello éste premió a Guamán Mallque con el honor de llevar y transmitir su nombre (Ayala) a su descendencia. Estos hechos, sin embargo, no se corresponden con otros datos que se tienen sobre el capitán Dávalos de Ayala, quien habría llegado al Perú en 1548, es decir, un año después de la batalla de Huarina.
Tiene, el cronista, pues, dos linajes muy importantes tras de sí: el de los yarovilcas de Huánuco y el de los incas regionales del Chinchaysuyo de Huamanga. Con estas credenciales de presentación y con su conocimiento de ciertos códigos de la época, Felipe Guamán Poma de Ayala puede hacer un retrato convincente y de fácil lectura para su destinatario: los mismos quechuas.