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Después de su retiro de la actividad deportiva, Pérez se dedicó a estudiar y a cumplir actividades empresariales con su compañía de marketing deportivo JP Sport Marketing, entre otras, además de crear la fundación Jefferson Pérez. En las elecciones de 2019 participó como candidato a alcalde de Cuenca por el movimiento Renace, pero no fue elegido.
Pérez es magíster en Estudios Latinoamericanos de Gobierno de la Universidad de Salamanca (España), magíster en Administración de Empresas e ingeniero comercial de la Universidad del Azuay.
Junto con su actividad empresarial, el medallista olímpico creó la fundación Jefferson Pérez, una institución autónoma de derechos privado con finalidad social y sin fines de lucro, enfocada en el apoyo a niños, niñas, adolescentes, familias y más personas vulnerables mediante la planificación y ejecución de programas y proyectos en el área educativa, de salud y prácticas solidarias.
En Cuenca, su ciudad natal, fue colocada una estatua en su honor. Además, el coliseo mayor de deportes de la ciudad y una pista atlética llevan su nombre.
Aproximadamente gana 60mil dolares anuales