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El aspecto fundamental a la hora de estudiar la metodología en Heródoto es el tratamiento de las fuentes:
1. Como elemento primario para la obtención de datos, suele basarse en su observación personal (ὄψις), articulada, de acuerdo con el procedimiento de los logógrafos, con arreglo a un criterio ternario: Descripción geográfica de un país, descripción de las costumbres del pueblo establecido y atención a los aspectos más sorprendentes (τὰ θωμάσια). Buen exponente de estas fases que componen la ὄψις, son los λόγοι ('relatos'), que facilitan informaciones que, en general, la crítica moderna tiende a confirmar. En cualquier caso, debe destacarse su sinceridad, pues nunca pretende haber visto más de lo que vio.
2. Un segundo medio, conocido con el nombre de ἱστορίη ('investigación'), se basa en la obtención de datos a partir de fuentes escritas, de importancia capital en la composición de la obra. Pueden destacarse tres grandes grupos: poetas (Homero, Hesíodo, Arquíloco, Esopo, Solón, Safo, Simónides de Ceos, Alceo, Píndaro, Esquilo, Anacreonte...), las fuentes epigráficas (en ocasiones su desconocimiento de lenguas no griegas le lleva a interpretaciones pueriles) y logógrafos (Hecateo de Mileto, principalmente).
3. La tercera fuente es la ἀκοή, los testimonios orales. Las Historias de Heródoto son fundamentalmente de tradición oral (frente a Tucídides, por ejemplo). Lo normal es que aluda a estos testimonios de modo indeterminado, utilizando expresiones del tipo «según los persas...», «unos dicen..., en cambio otros sostienen...», etc.
4. Finalmente Heródoto completa su metodología con una serie de consideraciones que se agrupan bajo el nombre genérico de γνῶναι. Son argumentaciones que sirven para establecer relaciones de afinidad o para profundizar en el examen crítico de lo argumentado.
Es indudable que estamos en los albores del género histórico, lo que explica el exceso de detalles poco contrastados, argumentaciones inconsistentes y faltas de rigor analítico. Por otra parte, el desconocimiento de la estrategia y la táctica militar es evidente.
Su metodología histórica se apoya en la verosimilitud apelando al sentido común, aplicada al análisis de tradiciones legendarias o controvertidas.
Es una obra escrita en dialecto jonio, probablemente en torno al año 430 a. C., y que tiene como objetivo narrar los enfrentamientos que tuvieron lugar entre griegos y bárbaros
Heródoto representa todavía el espíritu arcaico. Mucho se ha insistido sobre las concomitancias (y la amistad) entre Sófocles y nuestro autor, pero la dualidad teológica y humana que preside la obra posee un estrecho parangón con Esquilo. La doble motivación factual de la tragedia esquilea (responsabilidad humana y causalidad divina) no es diferente de la posición de Heródoto para quien (I 32, 1) «la divinidad es, en todos los órdenes, envidiosa y causa de perturbación». Pero al tiempo, aparece una tendencia que busca en el hombre mismo la causa de su destino. Nos encontramos con un plano sobrenatural que pone de relieve la fragilidad del ser humano, que es «todo contingencia».