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El PNM alberga una gran cantidad de especies de fauna silvestre. Se ha registrado cerca de 160 especies de mamíferos, más de 1,000 especies de aves (en su mayoría residentes), alrededor de 140 especies de anfibios, 50 especies de serpientes, 40 de lagartijas, 6 de tortugas, 3 de caimanes y 210 de peces.
Entre los mamíferos grandes destaca el otorongo (Panthera onca), el tigre negro (Felis yagouaroundi), la sachavaca (Tapirus terrestris), la huangana (Tayassu pecari), el sajino (Tayassu tajacu), el venado (Mazama americana), el venado cenizo (Odocoileus virginianus), el lobo de río (Pteronura brasiliensis), el ronsoco (Hydrochoerus hydrochaeris), el coto mono (Alouatta seniculus), el maquisapa negro (Ateles paniscus), mono choro (Lagothrix lagotricha), el mono machín blanco (Cebus albifrons) y el mono machín negro (Cebus apella).
Por otro lado, el número de insectos en el PNM es muy alto. Se calcula que existe cerca de 30 millones de especies. A su vez se ha registrado más de 1,300 especies de mariposas, 136 de libélulas, al menos 300 de hormigas (en un solo árbol se encontraron más de 40 especies) y más de 650 de escarabajos.
En lo que respecta a la flora del PNM, el número de especies vegetales es muy elevado. Los diversos registros indican que por lo menos existen 162 familias, 1,191 géneros y 4,385 especies identificadas. En una sola hectárea se llegó a encontrar hasta 250 variedades de árboles. Los bosques de aguajales son uno de los ecosistemas más resaltantes, donde las palmeras de aguaje (Mauritia flexuosa) y de huasaí (Euterpe precatoria) son las dominantes. Se desarrollan sobre áreas casi permanentemente inundadas, especialmente en la margen derecha del río Manu.
También destaca la presencia del cedro (Cedrela sp.), del cético (Cecropia sp.), del tornillo (Cedrelinga catenaeformis), de la castaña (Bertholletia excelsa), de la lupuna (Chorisia sp.) y del jebe (Hevea brasiliensis).
Un total de 500 aves sólo alrededor de los bosques de tierras bajas en la Estación Biológica Cocha Cashu, y las listas de verificación de Terborgh, Janson y Brecht (1984) dan los hábitats , la posición de alimentación, actividad (sociabilidad) y la abundancia de todas las aves y los mamíferos encontrados hasta el 1982.
Hay 13 especies de monos, y se estima que hay más de 100 especies de murciélagos. También hay 12 especies de reptiles dentro de 7 familias (ANU-CEPID, 1986), y 77 especies de anfibios de las familias de fuego son conocidas por el área de Cocha Cashu (Rodríguez, en prensa). No existen listas de verificación para los invertebrados, aunque se ha estimado que el parque contiene unas 500.000 especies de artrópodos. Una vez más, la mayoría de la información ha sido recogida en las tierras bajas, y la poca información detallada está disponible en la fauna de montaña. Especies conocidas como amenazadas a nivel mundial que se producen en el parque incluyen el mono choro Lagothrix lagotricha, el emperador Tamarin Saguinus imperator, nutria gigante Pteronura brasiliensis (VU), oso hormiguero gigante Myrmecophaga tridactyla (VU), armadillo gigante Priodontes maximus (EN), el ocelote Felis pardalis, Oreailurus jacobita gato andino (VU), el jaguar Panthera onca, pequeño zorro de orejas Atelocynus microtis (DD), Speothos venaticus perro de monte (VU), el norte de los Andes Huemul Hippocamelus antisensis (DD), oso de anteojos Tremarctos ornatus (VU), el cocodrilo crocodilus crocodilus , y caimán negro Melanosuchus niger (ES).
Las especies de peces identificadas por Groenendijk y Hajek (1995) que son consumidos por los habitantes locales incluyen Macroponum Colossoma gamitana, paco Piaractus brachypomus, sábalo cola roja erythropterum Brycon, Prochilodus nigricans, boquichico, lisa y trifasciatus Leporinus fasciatus Schizodon lisa.
En una hectárea de parcela en las llanuras aluviales, 17 árboles con un diámetro de más de 70 cm fueron encontrados (4 a 11 árboles con un diámetro de ese tipo sería más normal). El árbol más grande fue una Ceiba pentandra (120 cm), mientras que otras incluyen el nivel local armata Poulsenia rara (110 cm)
Rutas Turísticas
En la cuenca baja del río Manu se puede apreciar la exuberancia de la llanura amazónica. Se ha destinado cinco zonas para la visita, en donde se concentra una alta diversidad de flora y fauna silvestre, estas son: Salvador, Otorongo, Juárez (estos tres son cochas), Pakitza y Limonal.
En estas zonas existe una gran variedad de circuitos y senderos para apreciar la belleza de la selva tropical. Destacan también los lagos en forma de herradura o cochas donde es posible observar especies que en otros ecosistemas han desaparecido, como el lobo de río y el lagarto negro.
Los aguajales también posibilitan la concentración de fauna típica, como los guacamayos.
Entre los mamíferos grandes destaca el otorongo (Panthera onca), el tigre negro (Felis yagouaroundi), la sachavaca (Tapirus terrestris), la huangana (Tayassu pecari), el sajino (Tayassu tajacu), el venado (Mazama americana), el venado cenizo (Odocoileus virginianus), el lobo de río (Pteronura brasiliensis), el ronsoco (Hydrochoerus hydrochaeris), el coto mono (Alouatta seniculus), el maquisapa negro (Ateles paniscus), mono choro (Lagothrix lagotricha), el mono machín blanco (Cebus albifrons) y el mono machín negro (Cebus apella).