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La nutrición de las bacterias heterótrofas es vital para los seres vivos porque intervienen en ciclos como el del carbono y el del nitrógeno y en procesos metabólicos de elementos como el hierro, el fósforo, el azufre, manteniendo así el equilibrio biológico en los cuerpos de agua y en los suelos.
Las bacterias heterótrofas obtienen sus sustratos alimenticios y su energía de materia orgánica, logrando su descomposición, lo cual favorece al medio ambiente, descontaminándolo y proporcionando sustancias inorgánicas. Así tenemos bacterias férricas, sulfurosas, nitrificantes, que son aprovechadas en la industria de alimentos y en la industria farmacológica entre otras.
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