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La Vaquita es un Odontoceto, al igual que el cachalote. Los cetáceos incluyen a los misticetos o ballenas, y a los odontocetos que son los delfines y marsopas. Las diferencias más obvias entre misticetos y odontocetos se encuentran en su aparato digestivo. Los misticetos poseen un sistema para filtrar organismos pequeños del agua, utilizando sus "barbas" suspendidas de su mandíbula superior. Las barbas de los misticetos son placas córneas de queratina (el mismo material de las uñas y el pelo en otros mamíferos) con un borde interno a manera de cepillo. El tamaño y número de barbas y el grosor de las hebras del "cepillo" depende de los hábitos alimenticios de la especie de ballena.Los odontocetos no tienen barbas, tienen dientes en las dos mandíbulas, y el tamaño y forma de los mismos depende también de los hábitos alimenticios de cada especie. Otra diferencia externa es que los misticetos poseen dos orificios externos para respirar, mientras que los odontocetos poseen solamente uno, además de poseer también una masa de grasa que ocupa el espacio frente al cráneo. Esta masa de grasa se conoce con el nombre de melón, y su función es la de transmitir sonidos en forma de silbidos con frecuencias muy variadas que forman la base de su comunicación sonora. Los misticetos son extremadamente grandes, mientras que los odontocetos varían en tamaño, desde el más pequeño, la vaquita marina de apenas 1.5 metros hasta el más grande, el cachalote con más de 18 metros.
Durante los años 1970's y 1980's, los científicos describieron el esqueleto de la vaquita y midieron varios ejemplares encontrados varados en las playas o recuperados de redes por los pescadores locales. Las medidas externas de los especímenes examinados fueron de tallas desde 70.3 hasta 150 cm de largo. Se sugirió que las hembras alcanzan un tamaño máximo de aproximadamente 150 cm y los machos de alrededor de 140 cm. Los pesos registrados variaron desde 7.8 en vaquitas jóvenes hasta 55 kg. en vaquitas físicamente maduras. Se sugirió éste como el peso máximo aproximado de hembras adultas. La vaquita o cochito, es la más pequeña de las marsopas y de todos los cetáceos.El número de dientes en forma de pala, típica de dientes de marsopas, es de 17 a 21 en la mandíbula superior y en la mandíbula inferior de 17 a 20 dientes. Los dientes son importantes en la identificación de animales varados. Debido a que muchas veces solamente se encuentra el cráneo, la forma y número de dientes ayudan en la determinación de la especie a la que pertenece dicho cráneo. Las aletas pectorales de Phocoena sinus son más largas y la aleta dorsal más alta, proporcionalmente a la longitud del cuerpo, que en otras especies de marsopas. La coloración del adulto es única. En la porción dorsal, el color es gris oscuro, los lados son gris pálido y la superficie ventral es blanca con algunas manchas alargadas de color gris pálido. Esta marsopa tiene una gran mancha oscura alrededor de los ojos y unos parches oscuros en los labios que forman una línea delgada desde la boca hasta las aletas pectorales. En los recién nacidos, la coloración es más oscura que en los adultos, particularmente en la cabeza y en las áreas detrás del ojo; incluyendo una franja gris ancha que corre desde la cabeza hasta la aleta caudal pasando por la aleta dorsal y pectoral.
Tamaño adulto: hembras: 135-150 cm/
machos; 128-145cm
Tamaño al nacer: 67-75 cm
Peso adultos: alrededor de 55 kg.
Peso al nacer: 7.5-10 kg.
Reproducción: probablemente en primavera o verano
Gestación: probablemente 11 meses
Lactancia: probablemente de 6 a 8 meses
Nacimientos: Primavera
Ciclo reproductivo: una cría cada dos años
Alimentación: calamar, roncacho, corvineta.
Distribución: Unicamente en la región norte del Golfo de California
Tamaño de la población: Estimado alrededor de 600 individuos.
Mortalidad natural: depredación por tiburones y orcas
Mortalidad provocado por causas humanas: pesca incidental, modificación del hábitat
Estatus: el cetáceo marino más amenazada del mundo, críticamente en peligro de extinción.C
onservación: protección total de la especie, áreas protegidas, restricción de actividades pesqueras.