Respuestas
Primero debemos conocer que es cada reino y a que hace referencia. Los reinos eubacteriales como los llamaste, son en realidad sub reinos del Reino Monera. Este reino se caracteriza por ser el mas antiguo en donde se agrupan los organismo procarionte, estos son aquellos que carecen de un nocleo rodeado por membrana y organelos. Asi mismo este incluye a lo que hiciste referencia que son las eubacterias y las cianobacterias también conocidas como las algas verde azuladas.
Por otro lado, el reino protista es conocido como el primer reino eucariota, en este los organismos presentes son de igual forma unicelulares pero estos si poseen un nucleo verdadero, es decir si poseen mebrana que rodee el nucleo asi como organelos. Sin embargo, existen organismos pertenecientes a este reino como Macricystes, este organismo es un tipo de alga que puede llegar a medir 100 metros o mas.
Dicho esto, la principal referencia y la mas importante que puedes denotar, es que los organismos que cumplen las características para pertenecer a un reino o a otro, es que en ambos reinos los organismos son unicelulares.