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Los grupos básicos de microorganismos son los gusanos, hongos, protozoos, bacterias, virus y priones. Cuando estos microorganismos causan una enfermedad, los llamamos gérmenes. Mientras que los gusanos y los hongos se pueden ver a menudo con el ojo, los protozoos, las bacterias, los virus y los priones se pueden detectar solamente con microscopios o microscopios extremamente potentes, llamados microscopios de haz electrónicos
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