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El rey Fernando VII luego de recuperar el trono de España que había sido secuestrado por Napoleón Bonaparte manifestó serias dudas de la fidelidad de Liniers. Mientras estuvo retenido en un calabozo por órdenes de Napoleón, tuvo conocimiento de hechos que hacían pensar que Liniers había traicionado a su rey. Específicamente, Fernando VII pensaba que la defensa hecha por Liniers ante la usurpación no había sido entusiasta. Por esto, manda a reemplazarlo en su cargo al frente del Virreinato del Río de la Plata. Para sustituirlo el rey nombra a Baltasar Hidalgo de Cisneros quien era capitán general de Cartagena. Cisneros era uno de los más prestigiosos marinos que había combatido en la batalla de Trafalgar.
En en julio de 1809, llega Hidalgo al Río de la Plata. Ante la presunción de que Linier se encontraba sublevado, el rey había ordenado detenerlo y someterlo a juicio militar. La intención era iniciar una campaña de represión contra posibles simpatizantes de Napoléon. La orden del rey fue cumplida, Liniers fue detenido, relevado de su cargo pero en vez de ser enviado a España para ser juzgado, le fue permitido establecerse en Córdoba. Allí pudo hacer una vida normal como si no estuviera sometido a ningún tipo de restricción o juicio. Llegó, incluso a comprar para vivir en ella, una antigua estancia que pertenecía a los jesuitas en Alta Gracia, Intendencia de Córdoba del Tucumán.
En 1810 ya Liniers se está preparando para viajar a España cuando estalla Revolución de Mayo. Bajo el nombre de La Revolución de Mayo se conoció a una una serie de eventos revolucionarios sucedidos en la ciudad de Buenos Aires, capital del Virreinato del Río de la Plata, dependiente del rey de España. Estos hechos se dieron entre el 18 de mayo de 1810 y el 25 de mayo de ese mismo año. Los eventos de esta revolución incluyeron la destitución del virrey Baltasar Hidalgo de Cisneros.
Obligado a tomar partido, Liniers decide tomar el bando de los contrarrevolucionarios. Así pues organiza un ejército para combatir a las fuerzas de La Revolución de Mayo y marcha contra ellos. El enfrentamiento nunca llega a darse. Su ejército desertó en masa y se une a las fuerzas revolucionarias. Liniers es entonces apresado y fusilado el 26 de agosto de 1810.