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perdoname si es muy largo.
1. Naturaleza de las superficies de interaccion. Las superficies de las proteínas son variadas. Las superficies de los lípidos son fundamentalmente apolares aunque con frecuencia presentan grupos cargados en un extremos (ej: fosfolípidos). Los carbohidratos presentan muchos grupos HO-, algunas regiones hidrófobas! (los bordes de algunos ciclos pirano o furano lo son), y, en ocasiones, grupos -N-CO-CH3 y/o grupos -COO-.
2. Interacciones que se establecen. En las interacciones proteína/lípido dominan el efecto hidrófobo y las fuerzas de van der Waals. Los lípidos que presentan grupos polares establecen interacciones apropiadas con la proteína (puentes de hidrógeno, electrostáticas) o mantienen sus grupos polares en contacto con el disolvente. En las interacciones proteína/glúcido dominan los puentes de hidrógeno. A menudo un grupo OH- actúa simultáneamente de dador y de aceptor formando un puente de hidrógeno cooperativo. A menudo dos grupos HO- situados en carbonos consecutivos forman sendos puentes de hidrógeno con la cadena lateral de un mismo aminoácido formando puentes de hidrógeno bidentados. La formación de puentes de hidrógeno pone en contacto átomos (no implicados en el puente) de las cadenas laterales de la proteína con otros átomos del carbohidrato estableciendo contactos de van der Waals. También son frecuentes las interacciones entre los cantos hidrófobos del azúcar y residuos aromáticos.
3. Ejemplo 1: recoverina. La recoverina interviene el la visión prolongando la actividad de la rodopsina fotoactivada al impedir su inactivación por fosforilación. La recoverina sufre miristoilación y en presencia de iones Ca++ expone el grupo miristoilo al exterior y se ancla a la membrana impidiendo la fosforilación de la rodopsina. La forma miristoilada, en ausencia de Ca++, presenta el grupo miristoilo en el interior de un largo bolsillo hidrófobo tapizado por residuos apolares de la proteína.
4. Ejemplo 2: lipoproteínas. Las lipoproteínas transportan lípidos por el plasma y los vehiculizan. Se dividen tradicionalmente, en función de su densidad (tanto mayor cuanto mayor es su contenido en proteínas y menor su contenido en lípidos) en quilimicrones, VLDL, LDL y HDL. Algunas de las apolipoproteínas se encuentran entre los polipéptidos más grandes conocidos y no se conoce su estructura tridimensional (salvo la de alguno de sus dominios solubles de unión a receptor).
5. Ejemplo 3: proteínas de membrana Ver la lección 9.
6. Ejemplo 4: proteina quimioreceptora de galactosa. Es una proteína periplásmica que detecta la presencia de galactosa o glucosa. Pertenece a las proteínas de unión de carbohidratos de tipo I, que se caracterizan por formar complejos de alta afinidad. Todos los OH forman puentes de hidrógeno y el carbohidrato queda encerrado completamente. Otras proteínas de tipo I son las enzimas que actúan sobre carbohidratos, los anticuerpos que reconocen carbohidratos o las proteínas de transporte a través de membrana.
7. ejemplo 5: lectinas. Son proteínas responsables del reconocimiento de azúcares de la superficie celular en bacterias, animales y plantas. Sólo parte de los OH forman puentes de hidrógeno y el carbohidrato se une superficialmente. La afinidad de la proteína por cada monosacárido es baja pero se consiguen afinidades altas al formarse complejos entre oligómeros de lectina y varios monosacáridos de la superficie celular.