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Los anfibios, reptiles, aves y mamíferos respiran por los pulmones. Los pulmones son órganos respiratorios constituidos por cavidades internas revestidas por el epitelio entrecruzado por una red de capilares. En su organización, los pulmones son más complejos que las branquias y han evolucionado a través de los tiempos.
El sistema respiratorio consta en la mayoría de los animales de respiración pulmonar de: las fosas nasales, la laringe, la tráquea, los bronquios, los bronquiolos y los alvéolos pulmonares.
El aire entra por las fosas nasales, pasa por la laringe y luego a través de la traquea, bronquios y bronquiolos llega a los pulmones. Aquí penetra hasta pequeñas cámaras o alvéolos que presentan finísimas redes de capilares, donde se lleva a cabo el intercambio gaseoso. El oxígeno pasa a la sangre y el CO2 se expulsa con el aire en el momento de la espiración.
En las aves cada pulmón tiene conectados varios sacos aéreos, que se vacían y se llenan como balones en cada respiración, con lo que se facilita su vuelo.