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Zacharias Janssen nació en La Haya. Los registros locales parecen indicar que nació en 1585,2 aunque también se le atribuye una fecha de nacimiento tan temprana como 15803 o tan tardía como 1588.4 Sus padres fueron Hans Martens5 (quién puede haber sido vendedor ambulante6) y Maeyken Meertens, probablemente de Amberes, Bélgica. Se crio con su hermana Sara en Middelburg, en aquella época la segunda ciudad más importante de los Países Bajos. Fue conocido como un "vendedor ambulante" que estaba constantemente en problemas con las autoridades locales.6
Él mismo declaró que había nacido en La Haya en el acta de su primer matrimonio con Catharina de Haene, el 23 de octubre de 1610. Cuando este archivo fue redescubierto por Cornelis de Waard en 1906, halló el siguiente párrafo: Sacharias Jansen, j.g. uut Den Haag, "Zacharias Jansen, licenciado por La Haya",5 era oriundo de Middelburg. En 1612, Zacharias y Catharina tuvieron un hijo, al que llamaron Johannes Zachariassen.
En 1615 Zacharias fue nombrado tutor de dos niños de Lowys Lowyssen «geseyt Henricxen brilmakers» "(llamado Henry el fabricante de lentes). Se conjetura con que Zacharias tomó también posesión de las herramientas de fabricación de lentes de Lowys Lowyssen, porque el primer registro de Zacharias Janssen como fabricante de lentes data de 1616.7
La familia tuvo que trasladarse a Arnemuiden en 1618, después de que salieran a la luz las actividades de falsificación de moneda de Zacarías, donde fue nuevamente acusado de falsificación en 1619, lo que le obligó a huir de nuevo, terminando esta vez en Middleburg en 1621.8
Un año después de la muerte de la primera esposa de Janssen en 1624, se casó con Anna Couget de Amberes, que era la viuda de un tal Willem Jansen (probablemente un pariente de Janssen). Se trasladó a Ámsterdam en noviembre de 1626 con la profesión de fabricante y pulidor de lentes, pero quebró en 1628. Se ha dado como el año más probable de su muerte 1638,3 aunque según el testimonio de su hermana habría muerto en 1632.8 Por su parte, su hijo Johannes declaró que sus padres habían muerto en abril de 1632, el mismo año en que él se casó.5