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Estando en esos afanes, Rayón recibió la noticia de que un ejército venía a Toluca en auxilio de Porlier. Al saberlo éste, salió de Toluca, pero Rayón lo hizo retroceder. Mandó entonces el caudíllo insurgente una parte de su gente a Lerma para contener el avance del realista Castillo Bustamante, quien, derrotado, tuvo que retirarse a Jajalpa y aguardar refuerzos de México.
Penetraron finalmente los realistas al valle y los insurgentes se concentraron en Tenango. Se organizó la defensa y rechazaron un primer ataque; pero después la indisciplina de varios jefes, que en lugar de mantenerse en sus puestos se fueron a dormir, propició una fatal sorpresa. Considerable fue la matanza y dispersión. Finalmente, se fueron reuniendo los sobrevivientes, desde luego los miembros de la Suprema Junta Nacional: Rayón, Liceaga y Verdusco, quienes acordaron repartir las provincias en lucha: Liceaga se encargaría de Guanajuato, Verdusco de Michoacán, Morelos del Sur y Rayón de México, aunque este último se fue a su tierra, Tlalpujahua. Desde allí coordinó a los hermanos Polo, que continuaron la lucha por Aculco; a Epitacio Sánchez y Atilano García, que merodeaban Monte Alto, y a José Cruz, que hacia guerrilla por Tenancingo.
En coordinación con Rayón, Benedicto López, habiendo recuperado Zitácuaro, desalojó a los realistas de Malacatepec. También Tenango volvió al poder de la insurgencia. Mientras tanto, los insurgentes de Ñadó asaltaban con éxito un convoy enemigo. Poco después el cura Correa también atacó con fortuna otro convoy realista en Calpulalpan.
Rayón proseguía en su intento de coordinar la revolución manteniendo correspondencia con Morelos y los demás miembros de la Junta, así como emprendiendo viajes. Además de noticias y disposiciones, enviaba varios impresos que avivaban el fuego de la independencia. En varias ocasiones visita la hacienda de Solís, fuente de víveres para sus tropas; acude otras tantas al pueblo de Aculco y al monte de Ñadó, baluarte debido a Rafael Polo. La defensa era urgente, puesto que el enemigo ya había incursionado hasta Arroyo Zarco y Atlacomulco. Pasando por Ixtlahuaca, el ejército realista marchó contra el Campo del Gallo, fortaleza de Tlalpujahua que cayó en mayo de 1813. Ñadó correría la misma suerte.
Mas la guerra proseguiría en estas tierras. Atilano García y Epitacio Sánchez aún quedaban activos en Monte Alto y Villa del Carbón. Francisco Rayón infligió serio descalabro a los realistas cerca de San Felipe y luego retomó Tlalpujahua. Por su parte, Ramón Rayón llevó a cabo una correría hasta Huehuetoca, donde sorprendió y venció al realista Ordóñez. Otro insurgente, el coronel Pedro Espinosa, batió en Otumba una fuerza realista.
Ramón Rayón se instaló finalmente en Cóporo, Michoacán. Desde allí hizo una salida hasta Jilotepec. En Cóporo se recibieron dos fatales noticias: una, que Francisco Rayón había sido fusilado en Ixtlahuaca, y la otra, que Morelos también era pasado por las armas en San Cristóbal Ecatepec, el 22 de diciembre de 1815. La antorcha de la insurrección parecía extinguirse, pero de las filas de los Rayón saldría quien la tomara en su último relevo. Era un indio llamado Pedro Ascencio de Alquisiras. Se coordinó con Vicente Guerrero.