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La microflora intestinal coloniza el intestino al nacimiento y permanece allí durante toda la vida del individuo. Aproximadamente el íleon distal y el colon están colonizados por 10 14 bacterias. Tienen un papel relevante en el desarrollo del sistema inmunitario del huésped. Sus principales funciones incluyen actividades metabólicas como la producción de ácidos grasos de cadena corta y la absorción de nutrientes, efectos tróficos en el epitelio intestinal y en la estructura y la función del sistema inmunitario, y protegen al huésped frente a la invasión de microorganismos patógenos. Una de las características más sorprendentes del sistema inmunitario intestinal es su capacidad para distinguir entre los antígenos de la microflora y los de los patógenos. La microflora intestinal influye también en la expresión genética de las células presentadoras de los antígenos en el intestino. Por lo tanto, las bacterias intestinales pueden ser útiles en la promoción de la salud en el ser humano. Los prebióticos y los probióticos suponen un campo de creciente interés desde esta perspectiva.
Las bifidobacterias son un grupo de bacterias que normalmente viven en los intestinos. Pueden ser cultivadas fuera del cuerpo y luego se pueden tomar por vía oral como medicina.
Las bifidobacterias se usan comúnmente para tratar la diarrea el estreñimiento, y el trastorno intestinal llamado síndrome de colon irritable; para prevenir el resfrío común y la gripe, y muchas otras condiciones. Sin embargo, no existe buena evidencia científica para apoyar muchos de estos usos.