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Participó en una de las últimas rebeliones federales, dirigida por Ricardo López Jordán, cuyo primer intento de acción finalizó en 1871 con la derrota de los gauchos y el exilio de Hernández en el Brasil. Después de esta revolución continuó siendo durante un tiempo asesor del general revolucionario, pero con el tiempo se distanció de él.
A su regreso a la Argentina, en 1872, continuó su lucha por medio del periodismo y publicó la primera parte de su obra maestra, El gaucho Martín Fierro. Fue a través de su poesía como consiguió un gran eco para sus propuestas y la más valiosa contribución a la causa de los gauchos. Junto con la continuación de la obra, La vuelta de Martín Fierro (1879), forman un poema épico popular. Es generalmente considerada la obra cumbre de la literatura argentina.1234 Posteriormente desempeñó los cargos de diputado y senador de la provincia de Buenos Aires. Ocupando este último cargo, defendió la federalización de Buenos Aires en un memorable discurso, enfrentándose a Leandro N. Alem.
José Rafael Hernández fue un militar, periodista, poeta y político argentino, especialmente conocido como el autor del Martín Fierro, obra máxima de la literatura gauchesca. En su homenaje, el 10 de noviembre —aniversario de su nacimiento— se festeja en la Argentina el Día de la Tradición.