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Tras siete años de excavación, sorteando epidemias como la fiebre amarilla, deslizamientos y torrenciales aguaceros, el equipo francés veía con preocupación el retraso en las obras de construcción. La falta de dinero para seguir con la obra se hizo notoria. Nueve años después, en enero de 1889, los accionistas de la compañía francesa, que inició la construcción del canal, decidieron disolver la Compagnie Universelle.
Cinco meses más tarde, el 15 de mayo de 1889, se declara la quiebra de la Companie Uiverselle du Canal Interocéanique.
El fracaso llevó a juicio al ingeniero Ferdinand de Lesseps y a su hijo Charles en un evento judicial conocido como el "Caso de Panamá". Los señores Lesseps fueron acusados de fraude y malos manejos económicos. Ferdinand falleció en 1894 a los 89 años.
El hijo de Ferdinand fue hallado culpable y acusado de soborno en un segundo juicio por corrupción. Su condena la terminó en un hospital. Murió en 1923.
El expedicionista Lucien N.B. Wyse no se dio por vencido. En 1890 con la determinación de concluir la obra viaja a Bogotá, donde negocia una prórroga por diez años. Así se organiza en octubre de 1894 la Compagnie Nouvelle de Canal de Panamá.