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Las bacterias y las arqueas son microorganismos de morfología procariota. Las células de estos organismos no cuentan con un núcleo ni con organelos membranosos en su interior. Sin embargo, ambos son tan diferentes que conforman dominios completamente separados, el Dominio Bacteria y el Dominio Archaea.
Las arqueas se conocían antes como arquebacterias y se consideraban un grupo de bacterias, aunque con características bioquímicas diferentes que le hacían formar su propio reino, el Reino Monera, dentro del superreino Prokaryota.
Posteriormente se descubrió, gracias a los estudios de material genético, que la evolución de las arquebacterias y de las bacterias había sido independiente, así que las arqueas ya no se podían considerar como un grupo de bacterias. Nació así la clasificación actual de tres dominios: Archaea, Bacteria y Eukarya.
Las arqueas y las bacterias son morfológicamente muy similares pero las arqueas se sitúan más cerca de las Eucariotas, en especial algunos genes y rutas metabólicas de transcripción y traducción.
Algunas diferencias destacadas:
No se conoce ninguna especie de arqueas que se reproduzca por esporas, a diferencia de los dominios Bacteria y Eukarya. Tampoco ninguna en la que haya reproducción sexual. Se reproducen principalmente por fisión binaria, gemación o fragmentación.
Otra característica bioquímica única de las arqueas son unos éteres lipídicos de su membrana citoplasmática que no se observa en los otros dominios.
Las arqueas pueden habitar un amplio espectro de ambientes, siendo muchas de ellas extremófilas, amantes de ambientes extremos de temperatura, pH o salinidad. Pero se han encontrado prácticamente en cualquier hábitat, siendo muy numerosas en los océanos, tanto que entre las arqueas del plancton puede que se encuentre alguno de los organismos más numerosos del planeta.
En el intestino humano, como parte de la flora, existen arqueas metanógenas, unos organismos que necesitan un ambiente anaerobio estricto y que producen metano, principal componente del gas natural, motivo por el que se cree que tienen un papel muy importante en la degradación de la materia orgánica en la naturaleza.
Otra característica que diferencia una arquea de una bacteria está en las rutas metabólicas fotosintéticas. Existen bacterias y eucariotas que pueden realizar fotosíntesis oxigénica; sin embargo, existen arqueas capaces de hacer fotosíntesis pero no oxigénica, que no produce O2. La mayoría de arqueas fotosintéticas son fotoheterótrofas. También existen arqueas que fijan CO2 atmosférico, aunque no utilizan la energía solar para hacerlo.