Respuestas
Primero habría que aclarar que la población nativa es un término ambiguo en tanto los colonos participantes del proceso emancipador norteamericano habían, en su mayoría, nacido en el territorio americano, por lo que en estricto sentido eran nativos del continente.
Si con el término se pretende aludir a la población indígena o a las naciones originarias de América entonces puede afirmarse que no todos participaron del lado de los colonos, algunos pueblos lo hicieron en apoyo al imperio Británico, por lo que sí, si participaron, pero no todos en favor de la independencia.
Con relación a la población afroamericana es dificil de precisar, pues como colectivo puede que no hayan participado, pero desde luego que hubo casos excepcionales, aunque muy limitados por el hecho de que aún los afroamericanos no poseían derechos y no se les ofreció, como en el caso hispanoamericano, la emancipación.