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Leguía asumió el mando presidencial el 24 de setiembre de 1908, reemplazando a José Pardo y Barreda.
Este mandato, que sería el primero de Leguía, resultó ser muy turbulento, tanto en el orden interno como en el externo. En el aspecto internacional, afrontó los problemas limítrofes con los cinco países vecinos que, conocedores de las limitaciones materiales que pesaban sobre Perú después de la Guerra del Pacífico, aprovecharon la ocasión para arremeter en demanda de sus pretensiones territoriales.
En el orden interno, enfrentó una intentona golpista que dirigieron Carlos de Piérola, hermano de Nicolás de Piérola, y los hijos de este caudillo: Isaías de Piérola y Amadeo de Piérola. Estos acaudillaron a un grupo de descontentos del partido demócrata y penetraron sorpresivamente en el Palacio de Gobierno, encontrando a Leguía en su despacho.
Los revoltosos le pidieron que firmara su renuncia. Leguía se negó. Entonces, los amotinados lo secuestraron y lo llevaron hasta la Plaza de la Inquisición, donde, al pie del monumento a Bolívar, lo conminaron a renunciar por segunda vez. Leguía volvió a negar su renuncia, diciendo firmemente: «No firmo». Intervino la fuerza pública, que logró rescatar al presidente luego de un tiroteo que mató a más de cien manifestantes (29 de mayo de 1909). A pesar de no haber tenido participación en esta revuelta, Nicolás de Piérola tuvo que esconderse ante la persecución desatada por el gobierno. El diario opositor La Prensa fue asaltado por turbas gobiernistas y su director, Alberto Ulloa Cisneros fue apresado.
En los dos últimos años de este gobierno se manifestó una aguda crisis económica, motivada por el endeudamiento interno acelerado, los gastos de la defensa nacional y el déficit presupuestal.