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El conflicto surgió entre los años 1839 y 1841 por la decisión del presidente José Ignacio de Márquez de suspender y cerrar todos los conventos menores, es decir, todos aquellos conventos católicos que albergaran a menos de ocho personas.
Esta decisión tendría una duración de ocho años, e involucraba y afectaba directamente a cuatro conventos, ubicados en la ciudad de Pasto, perteneciente al departamento de Nariño. La motivación principal era reutilizar los bienes no utilizados por esos conventos, enviándolos a distintos planteles educativos.
El presidente José Ignacio de Márquez recibió el respaldo de los que poseían el cargo más alto en la organización eclesiástica de la época.
Esto, generó un profundo rechazo y controversia en todo el pueblo de Pasto y especialmente, por el encargado del convento Francisco de la Villota y Barrera, quien fue uno de los principales dirigentes de la Guerra de los Supremos.
Sin embargo, no fue el único que se propuso esta causa. A la lucha por recuperar los conventos católicos se le sumó José María Obando, quién se autodenominó como el principal dirigente de la Guerra de los Supremos.
Además, este último estuvo acompañado por Juan Gregorio Sarria, quién dirigió la milicia en el Patía.