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En la historia del territorio que actualmente forma el cantón, se destacan asentamientos de la confederación Cayambi-Caranqui, que se resistió durante diecisiete años a la invasión incásica y la presencia de la parcialidad Cochasquí, que se evidencia por la existencia del complejo sagrado del mismo nombre en las cercanías de la cabecera cantonal: Tabacundo. Fue un enclave de referencia indígena local frente a la avanzada y extensión del Tahuantisuyo desde el sur. Se ha dicho que desde Cochasqui, el cacicazgo del mismo nombre resistió frente al avance Inca. Las fuerzas locales habrían estado lideradas por una señora étnica, es decir, una cacica local llamada Quilago, que llevó a cabo una feroz resistencia.1
En épocas de la conquista española, el cantón fue un asentamiento indígena que con la distribución administrativa del territorio por parte de los iberos, pasó a formar parte del corregimiento de Otavalo en 1534; y así permanecería durante la totalidad de la época colonial y parte de la vida republicana del Ecuador. El libertador Simón Bolívar estuvo en la cabecera cantonal del 15 al 16 de julio de 1823.1
El cantón Pedro Moncayo se crea por decreto legislativo el 26 de septiembre de 1911, respondiendo al nombre de un ilustre ibarreño. Dentro de su jurisdicción se incluyeron cinco comunidades.