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Las mutaciones pueden clasificarse según el efecto que producen como:
1.- Mutaciones moleculares: Afectan la constitución química de los genes, ya que se dan a nivel molecular.
2.- Mutaciones Cromosomicas: Estas afectan a un segmento de el cromosoma, por lo tanto a su estructura, esto ocurre por que grandes segmentos de el cromosoma se pierden, cambian de lugar o se duplican.
3.- Genómico: Cuando las mutaciones afectan los genes.
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