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Muchas especies de Bacillus son capaces de secretar grandes cantidades de enzimas. Bacillus amyloliquefaciens es la fuente de una proteína antibiótica natural barnasa (a ribonucleasa), alfa amilasa utilizado en la hidrólisis del almidón, la proteasa subtilisina utilizada con detergentes, y el BamH1 enzima de restricción utilizado en la investigación del ADN.
Una porción del genoma de Bacillus thuringiensis se incorporó en cultivos de maíz (y algodón). Los resultantes OMG son, por tanto, resistentes a algunas plagas de insectos.
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