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José Agustín Arango, político istmeño, empezó a trabajar en secreto en la preparación del movimiento separatista. Una junta revolucionaria clandestina se formó en torno suyo para planificar una revolución destinada a consolidar la separación del Istmo de la soberanía colombiana, para negociar directamente con Estados Unidos la construcción del canal. La red conspirativa estaba conformada aparte del propio Arango, por Manuel Amador Guerrero, médico; Nicanor de Obarrio, militar y general del ejército colombiano y por otros como Ricardo Arias, Federico Boyd, Carlos Constantino Arosemena, Tomás Arias, Isabelina Rojas y Manuel Espinosa Batista. Pero la parte operativa, la de mayor riesgo, le tocó a Amador Guerrero, quien viajó a Estados Unidos en busca de apoyo para el plan, ya que las fuerzas norteamericanas habían ayudado en el pasado al ejército colombiano. También obtuvo en Panamá el apoyo de importantes jefes liberales y el apoyo del comandante militar Esteban Huertas.
Con todos estos apoyos, se concertó la puesta en marcha del plan separatista para un día no definido del mes de noviembre de 1903. Sin embargo, un rumor generado en Colombia estuvo a punto de dar al traste con el plan. Informes recibidos daban cuenta de una supuesta invasión nicaragüense al Istmo por la región de Calovébora, sobre la costa norte panameña. Este informe, y los rumores insistentes sobre algo que se tramaba en Panamá, hicieron que Colombia movilizara al Batallón Tiradores desde Barranquilla. El comandante de ese batallón traía secretamente instrucciones para reemplazar a José Domingo De Obaldía y al general Esteban Huertas, en quienes ya no se confiaba en Bogotá.
El Batallón Tiradores, al mando del general Juan B. Tovar y Ramón G. Amaya, llegó a la ciudad de Colón en la mañana del 3 de noviembre de 1903. No tuvo problemas para desembarcar, pero su transporte hacia la ciudad de Panamá sufrió muchos contratiempos por la complicidad de las autoridades del Ferrocarril Transístmico con los conjurados, entre ellas el superintendente norteamericano J.R. Shaler. Después de muchas excusas, el Estado Mayor pudo desplazarse hacia la capital. En Colón quedó la tropa bajo el mando del coronel Eliseo Torres.
Una vez llegados a ciudad de Panamá, Juan B. Tovar y sus otros oficiales fueron arrestados por instrucciones del general Esteban Huertas, quien estaba al mando del Batallón Colombia, cuya jefatura pretendía reemplazar al recién llegado general.
Al enterarse de la inminente acción revolucionaria, el comandante John Hubbard del buque norteamericano «Nashville», entonces en las aguas del puerto y quien había retrasado previamente el desembarco de las tropas colombianas en Colón, procedió a impedir su transporte y cualquier desembarco posterior, argumentando que debía respetarse la "neutralidad" del ferrocarríl, un argumento que las autoridades norteamericanas habían empleado en anteriores ocasiones en sentido contrario.
Apresado el contingente militar colombiano y congelada la movilización de las tropas en Colón, se apresuraron las acciones para declarar la separación del Istmo. La Junta Revolucionaria procedió entonces a declarar esa misma tarde, la separación del Istmo. Algunos panameños asaltaron las armerías y tomaron las armas, pero no fue necesario usarlas. Por representar a la autoridad colombiana fue puesto bajo custodia el gobernador José Domingo de Obaldía.
Una escuadrilla naval anclada en la bahía de Panamá fue obligada a rendirse sin oponer resistencia. El Consejo Municipal se reunió bajo la Presidencia de Demetrio H. Brid(autoridad máxima en el territorio panameño ante el surgimiento de un gobierno de facto), y proclamó en un acta de voluntad del pueblo de ser libre y de establecer un Gobierno propio, independiente, y soberano bajo el nombre de República de Panamá. Demetrio H. Brid se convirtió entonces en el Primer Presidente de facto de la recién formada República de Panamá, nombrando el 4 de noviembre de 1903 a la Junta de Gobierno Provisional que se encargaría de la administración del Estado hasta que la Convención Nacional Constituyente en febrero de 1904 designara a Manuel Amador Guerrero como el primer Presidente Constitucional de la República de Panamá.
La Separación de Panamá de Colombia, fue un hecho ocurrido el 3 de noviembre de 1903, después de la Guerra de los mil días, y que desencadenó en la proclamación de la República de Panamá, anteriormente un departamento de la República de Colombia desde 1821, con breves períodos de secesión por parte del istmo de Panamá.
Desde su declaración de independencia del Reino de España, el 28 de noviembre de 1821, Panamá se unió voluntariamente a nueva Granada, nación que integraba junto a Ecuador y Venezuela la Gran Colombia
Departamento del Istmo bajo el centralismo o Estado Soberano de Panamá bajo el federalismo, habían intentado separarse, independizarse del gobierno colombiano o auto gobernarse de facto, siendo las más importantes en 1830, 1831 y 1832; entre tanto posteriormente hubo revueltas populares en Colombia (de hecho 6 guerras civiles en 82 años). En 1840 y por un año se estableció el Estado del Istmo,6 7 haciendo una clara constancia de que se reincorporaría a la Nueva Granada si esta adoptaba el régimen federal;8 9 10 y durante parte de la Guerra de los Mil Días (1899-1902), conflicto civil que devastó a Colombia, nación a la que entonces pertenecía Panamá
A petición del Presidente Marroquín de Colombia, el ejército de Estados Unidosacantonado en los puertos terminales del Ferrocarril, intervinieron y cesaron la Guerra de los 1,000 Días, instando a los contendores a abordar el acorazado Wisconsin, en donde se redactó y finalmente fue firmado un tratado del mismo nombre que puso fin a esta guerra. Sin embargo, el General Victoriano Lorenzo, indígena, guerrillero, panameño y liberal, se negó a aceptar sus términos y fue fusilado el 15 de mayo de 1903.