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La Colonia tuvo como principal objetivo el provecho económico de los territorios conquistados por los españoles a partir el trabajo de indígenas y esclavos africanos a través de modelos como la encomienda y el latifundio.
La Real Audiencia —máximo tribunal de la corona española instalada en Santafé en 1550— administraba la justicia, el poder público y el control militar. Pero pasó a un segundo lugar con la entrada de la figura del presidente, que a su vez fue sustituido con el tiempo por el Virreinato en 1718. Este régimen duró hasta 1810, con excepción del intervalo entre 1724 y 1740, en donde estuvo instalada la Presidencia nuevamente.
La etapa colonial se caracterizó por la evangelización del cristianismo entre la población indígena y la esclavitud de hombres provenientes de Guinea, Senegal y Níger en América para labores de extracción minera, principalmente. La llegada de africanos y españoles favoreció el mestizaje en Colombia.
Los abusos y la corrupción bajo la Real Audiencia y el Virreinato fueron, en últimas, las causas de la aparición del sentimiento independentista.