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La basílica de San Pedro no es ni la sede oficial del papa, ni es la primera basílica de Roma, pues este honor lo ostenta la archibasílica de San Juan de Letrán; tampoco es la parroquia de la Ciudad del Vaticano, ya que actualmente es la Capilla Paulina la que funciona como tal. Sin embargo, es la principal iglesia pontificia al celebrarse en ella la mayoría de las ceremonias papales debido a su tamaño, a su proximidad a la residencia papal y a su ubicación dentro de la Ciudad del Vaticano.
La Cátedra de San Pedro es una silla antigua que se supone fue utilizada por san Pedro, pero que en realidad fue un regalo de Carlos el Calvo, y utilizada por varios papas. Ocupa una posición elevada en el ábside, en un relicario de bronce sostenido por figuras de los Doctores de la Iglesia, e iluminada por una vidriera que representa al Espíritu Santo.