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Nació en la aldea de Huacarpay o Anchibamba, en el actual distrito de Lucre del departamento del Cuzco. Fue hija del contador español de origen vizcaíno, Antonio de Zubiaga, y de la dama cusqueña Antonia Bernales. Desde temprana edad sintió vocación religiosa, por lo que sus padres autorizaron su ingreso a un convento (1815), pero extremó las penitencias hasta caer enferma, por lo que debió retornar al hogar (1820).
En medio de la efervescencia de la guerra emancipadora, su padre decidió volver a España, dejándola a ella y a sus hermanas en el Monasterio de la Encarnación. En esas circunstancias, se vinculó sentimentalmente con el prefecto del Cusco, general Agustín Gamarra, con quién se casó en Zurite en 1825. Se dice que, además del amor, fue movida por el atractivo del poder. Cuando el Libertador Simón Bolívar llegó a la ciudad el 25 de junio de 1825, doña Francisca fue la encargada de ceñir en las sienes del Libertador una corona de oro, pero él mismo decidió que ella fuese la que llevara la corona.