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Mediante un decreto del 8 de noviembre de 1865, Juárez prorrogó su mandato presidencial en atención a las difíciles circunstancias que se vivían en el país.
En 1867 Maximiliano será derrotado en Querétaro por el ejército de Mariano Escobedo y las fuerzas combinadas de Porfirio Díaz, por lo que fue juzgado y sentenciado a morir fusilado. Juárez regresó a la ciudad de México el 15 de julio de 1867, iniciando el periodo conocido como la República Restaurada.
En octubre de 1867 fue reelecto presidente de la República; se dedicó principalmente a organizar la situación económica del país, redujo el ejército, organizó una reforma educativa, ordenó sofocar los alzamientos militares y enfrentó la división de los liberales. Se mostró respetuoso ante la organización de los obreros y artesanos.
En esta época ya vencidos los grupos conservadores, se había alejado el peligro de una nueva intervención extranjera, el poder de la Iglesia estaba debilitado y el país parecía encaminarse a una época de paz y progreso. Sin embargo, nuevos y muchos problemas faltaban por superar: grupos indígenas afectados por los abusos de los hacendados y gobernantes se levantaron en armas en Nayarit, Chiapas y la península de Yucatán, mientras tribus apaches y comanches asolaban las tierras del norte. Caciques locales y bandidos dominaban el campo.