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La reproducción de los protozoos puede ser asexual por bipartición y también sexual por isogametos o por conjugación intercambiando material genético.
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La conjugación sexual no se da en todos los protozoos y es característica de los protozoos ciliados. Dependiendo de la forma en que se unan los gametos, la reproducción sexual puede darse por singamia o autogamia
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