Question

Porque se las considera fosiles y no se lo cladifica en aves o dinosaurios

Answer 1

Se los clasifica como dinosaurios. A menos que respondan a la morfología total de un ave. 
Se los apodó "intermedios" porque muestran patrones tanto de reptiles como de aves. 
Un ejemplo es el dinosaurio "unenlagia" de Argentina cuyo significado es "casi un ave" (dialecto indígena). 

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Creo que el amigo Birdman está algo confundido. Los cocodrilos no descienden de un dinosaurio. 
Si bien cocodrilos y dinosaurios son reptiles arcosaurios, ambos evolucionaron por lados diferentes, aunque sí comparten entre ellos los mismos ancestros. 
Estos ancestros son los "tecodontes". 
Las aves descienden de un grupo de dinosaurios "manirraptores". 

Los dinosaurios no han dejado descendientes reptiles bajo ningun punto de vista. 
Los unicos descendientes que han dejado son las aves.
espero que te sirva kjwbdjd