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La importancia del microscopio para la ciencia la encontramos en que, desde el siglo XVI, se ha podido avanzar mucho más en ciencias como la biología, química o medicina. El microscopio buscaba estudiar especímenes vivos y continua su crecimiento con el desarrollo de avances técnicos de microscopía infravital, como la endoscopia y la microscopía en vivo.
El uso del microscopio comenzó como entretenimiento y luego pasó a ser un instrumento básico de la ciencia y la medicina. Le brinda al observador una vista de un espacio más pequeño y sin este no sería posible visualizar átomos, moléculas, virus, células, tejidos y microorganismos.
La premisa básica del microscopio es su uso para amplificar los objetos y especímenes. Esto no ha cambiado, sino que se ha vuelto cada vez más potente gracias a las diversas técnicas de imagen microscópica empleadas para hacer ciertos tipos de observaciones.