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Las bacterias realizan respiración anaeróbica (sin oxígeno, de hecho, éste último les es tóxico). O fermentación, que no es respiración, es un modo más ineficiente de producir energía. Existen bacterias que realizan fermentación alcóholica, y las que realizan fermentación láctica.
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Algunas bacterias sólo llevan a cabo fermentación, mientras que la gran mayoría de los organismos (incluidos los humanos) pueden llevar a cabo respiración celular aeróbica y anaeróbica.
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