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En microorganismos, los metabolitos secundarios están asociados a etapas de latencia en las que los microorganismos están activos pero no crecen o se reproducen.
Los medicamentos se diseñan, en muchos casos, para acabar con ciertos metabolitos. La presencia de metabolitos secundarios puede ser el vector ideal para que el medicamento haga su máximo efecto, ya que el microorganismo objetivo del medicamento está en etapa de "latencia".
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