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Perú creía haber encontrado en el guano la solución para contrarrestar la grave deuda exterior que venía arrastrando hace años. Sin embargo, en 1852 se descubrieron las islas Lobos, en la costa norte del país andino y que contaban con unas enormes cantidades de guano. El gobierno de Estados Unidos afirmó que dichas islas no habían sido ocupadas por Perú, por lo que declaró que los ciudadanos norteamericanos podrían explotar la valiosa materia, protegidos militarmente si fuera preciso. La situación estuvo a punto de originar una guerra entre ambos países, aunque finalmente el Perú bajó el precio del guano y permitió que los barcos de EEUU circularan libremente entre los yacimientos y su país de origen.
De esta manera, el declive de la producción de guano peruano se hizo cada vez más evidente, hasta que en 1909, cuando ya se habían agotado las reservas de guano fósil, se constituyó la Compañía Administradora del Guano, para proteger a las aves y recolectar el abono. Finalmente, en 1915, el químico alemán y premio Nobel Fritz Haber encontró una manera de producir artificialmente sustancias de alto contenido en nitrógeno, lo que dio paso a la producción de fertilizantes artificiales, y al colapso mundial del mercado del guano.