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Los emperadores no gozaban de un poder absoluto donde, como en el código romano del Digesto, el rey era la "ley viva". Sino que tuvieron varias trabas que no dejaban actuar a su brazo libremente. Las tres principales fueron las siguientes.
El Sacro Imperio estaba dividido en grandes dominios feudales, cuyos dueños defendían enérgicamente su libertad de acción, y los emperadores no lograron crear instituciones comunes a todo el país ni establecer en las diversas regiones funcionarios que hicieran respetar su voluntad. Los grandes señores feudales mantuvieron celosamente el principio de la elección imperial e impidieron que por la transmisión hereditaria se afirmara la autoridad imperial.
la reunión, bajo un mismo cetro, de territorios heterogéneos, como el norte de Italia, cuya población difería mucho por raza, tradición y costumbre de los germanos y a la que los Alpes separaban naturalmente de Alemania.
A raíz de la restauración del Imperio, Otón I afirmó el derecho de los emperadores a intervernir en la elección de los pontífices, pero tal facultad desapareció desde que el papa Nicolás II (1059) estableció que la elección pontificia sería privativa del Cónclave o colegio decardenales. El antagonismo entre papas y emperadores subsistió avivado por la pretensión imperial, resistida por el pontificado, de sojuzgar a Italia.
Las relaciones entre los emperadores y los pontífices, jefes absolutos de la Iglesia de Occidente, abundaron en conflictos que debilitaron el poder imperial y papal.