Question

¿Por qué un cladograma es similar a un árbol filogenético?

Answer 1

El primero representa la evolucion de una especie, el segundo el parentesco evolutivo de distintas especies, como las patas que se desarrollaron desde el celacantos, los pulmones, el pelaje o las colas que comparten distintas especies de animales. 
un arbol filogenetico muestra la relacion de diferentes grupos al comparar la secuencia de un gen o proteina. En un cladograma puedes usar cualquier medida de similaridad, no necesariamente similaridad genetica. 

Adicionalmente puedes hacer algunos analisis estadisticos y probar diferentes modelos evolutivos para ver si tu arbol es correcto.