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La ciudad fue un asentamiento azteca que servía de base en las rutas comerciales y militares del imperio hacia el Soconusco y Guatemala. Posteriormente los zapotecos, que fueron desplazados de los valles centrales de Oaxaca por invasiones mixtecas, buscaron expandirse en el Istmo, y se instalaron en las cercanías de Tehuantepec, donde entraron en conflicto con los aztecas. En Tehuantepec se fortificaron los zapotecos al mando de su rey Cosijoeza, e infligieron una gran derrota a las tropas aztecas. Aunque, según evidencias arqueológicas recientes, se ha determinado que posiblemente Tehuantepec haya sido habitado desde mucho antes por zapotecas, y no por huaves y mixes, como también se maneja entre los historiadores.
Tehuantepec se consolidó como un asentamiento zapoteco cuando ocurrió la conquista del imperio azteca por los españoles.
La ciudad actual fue fundada por Hernán Cortés como una base hacia la conquista del sur de México y de Centroamérica. En los tiempos coloniales se levantaron edificios de arquitectura española, como el templo de la Natividad, y se dotó a la ciudad de un obispado. Todavía en la actualidad se conserva el carácter colonial de buena parte de la ciudad, con sus estrechas calles, cerros, y casas de teja roja.
Tehuantepec es considerada por los Istmeños como la piedra angular de la cultura zapoteca en el Istmo, de donde se desprenden las costumbres y tradiciones de los zapotecas de esta región, sus fiestas más importantes son las mayordomías, consideradas como las más antiguas del Istmo oaxaqueño.