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Pérez obtuvo su primera medalla a la edad de 17 años, en California. Su primer logro relevante fue la medalla de bronce en el Mundial Juvenil de Atletismo, en Plovdiv, Bulgaria, en 1990.2 Dos años más tarde obtuvo su primera consagración al ganar el título mundial juvenil en Seúl, Corea.2
Consiguió la primera medalla de oro para Ecuador en los Juegos Olímpicos, en la disciplina de 20 kilómetros marcha en Atlanta 1996.102 Posteriormente obtuvo la medalla de oro de los 20 km marcha en los Juegos Panamericanos de 2003 realizados en Santo Domingo (República Dominicana). Impuso una plusmarca mundial (1:17:21) en la misma disciplina en el Campeonato Mundial de Atletismo de 2003, celebrado en París, al superar a Paquillo Fernández.7
Campeón Mundial en Helsinki 20059 y de nuevo campeón mundial de 20 kilómetros marcha en el Osaka 2007.9 Considerado en su época uno de los mejores atletas del mundo en su disciplina, comparte junto a Robert Korzeniowski el honor de ser uno de los mejores marchistas de la historia de este deporte.[cita requerida]
Fue considerado el mejor deportista ecuatoriano por varios años. En 2008, último año de su práctica deportiva, fue premiado como el mejor deportista ecuatoriano.14 Es también calificado como el mejor de todos los tiempos gracias a sus dos medallas olímpicas, las únicas preseas conseguidas por deportistas ecuatorianos.
Pérez se retiró del atletismo profesional en septiembre de 2008, tras la final de la Challenge Mundial celebrada en Murcia.15
En enero de 2014 seguía manteniendo los récords juveniles de Ecuador de 5.000 m y 10.000 m en pista y de 5 km en ruta.16