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De Guayaquil salen numerosas quebradas y ríos que llevan basura y aguas servidas, especialmente a el río Daule. Las aguas de este río se han visto considerablemente contaminadas por el vertedero de los tubos del alcantarillado pluvial del mismo Daule y de Santa Lucía, así como también otros riachuelos negros que caen desde los cantones, parroquias y recintos asentados desde Daule-Peripa hasta desembocar en el río Babahoyo, frente a Guayaquil.
Además, cabe destacar que en su recorrido recibe fuentes difusas de aguas residuales domésticas y descargas de efluentes casi sin tratamiento de siete poblaciones asentadas en sus márgenes, una población de unos 100 mil habitantes.
No obstante, otros ríos de menor renombre que también reciben basura y aguas servidas de Guayaquil son: el río Buenavista, el Calichana y el Jubones. Por otro lado, el río Palenque y el río de la Sabana son otros que se ven afectados por ser la desembocadura del flujo que circula basura.