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La Guerra del Cenepa o Conflicto del Alto Cenepa, fue un enfrentamiento bélico que ocurrió en el lado oriental de la Cordillera del Cóndor, sobre la cuenca del río Cenepa en territorio peruano ocupado por el ejército del Ecuador desde 1994 (véase el mapa que aparece en la Ficha de conflicto), y que enfrentó a las fuerzas armadas del Perú y Ecuador durante los meses de enero y febrero de 1995; nunca hubo declaración formal de guerra entre ambos países, ni llegó a generalizarse por toda la frontera común. Las operaciones militares sucedieron en la cuenca del río Cenepa, en territorio delimitado pero sin demarcar, zona de selva alta de complicado acceso, donde los factores climáticos y logísticos dificultaron los desplazamientos militares.
El conflicto se resolvió con la intervención de Argentina, Chile, Brasil y EE. UU. (países garantes del Protocolo de Paz, Amistad y Límites de Río de Janeiro del 29 de enero de 1942), lográndose terminar el proceso de demarcación de la frontera en los tramos pendientes entre los hitos Cunhime Sur y 20 de Noviembre, y Cusumaza–Bumbuiza y Yaupi–Santiago,14 de conformidad con lo establecido en el Protocolo de Río de Janeiro y el fallo arbitral de Braz Días de Aguiar.
En el Acta de Brasilia, tanto Perú como Ecuador, aceptaron la culminación del proceso de demarcación fronteriza, en el tramo de 78 kilómetros que estaba pendiente, de acuerdo con la propuesta de los países garantes del Protocolo de Río de Janeiro, formulada dentro del marco legal del Protocolo de Río de Janeiro, fallo arbitral de Braz Días de Aguiar, sus instrumentos complementarios y los pareceres técnicos-jurídicos entregados el 8 de mayo de 1998, la cual que fue aceptada por los gobiernos de Perú y Ecuador, y ratificada luego, por los congresos de ambos países.9
Así, se terminó el proceso de demarcación de la frontera sobre las cumbres de la Cordillera del Cóndor, ratificando al Perú la posesión de la zona del Cenepa (incluyendo Tiwinza), a la vez que Perú otorgaba a Ecuador, en condición de propiedad privada y sin perjuicio de la soberanía peruana, un kilómetro cuadrado en la zona de Tiwinza (donde están sepultados 14 soldados ecuatorianos).15 También se firmaron acuerdos de Comercio y Navegación, de Integración Fronteriza y de instalación de una comisión binacional sobre Medidas de Confianza Mutua y Seguridad.16