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Magallanes nació en el norte de Portugal en el año 1480. La vila de Sabrosa, la freguesía de Sé en Oporto, Vila Nova de Gaia y Ponte da Barca se disputan ser su lugar de nacimiento.nota 2
Era hijo de Rui de Magalhães y de Inês Vaz Moutinho. Hermano de Duarte de Sousa, Diogo de Sousa, Isabel de Magalhães, Genebra de Magalhães y Aires de Magalhães. El padre de Fernando, Rui de Magalhães, fue caballero hidalgo de la casa de D. Afonso, conde de Faro, señor de Aveiro y alcalde mayor de Estremoz. Rui fue alcalde de Aveiro, donde está documentado en 1486; entre 1472 y 1478 ejerció cargos de juez ordinario, procurador de cámara y concejal en Oporto. Su hermano Aires de Magalhães siguió la carrera eclesiástica, recibiendo el subdiaconado en Braga en 1509.
Magallanes tenía cerca de diez años cuando entró a servir como paje en la corte de la reina Leonor, consorte de Juan II de Portugal. Se casó en Sevilla en 1517 con Beatriz Barbosa, pariente suya, hija de Diogo Barbosa y María Caldeira, y tuvo dos hijos: Rodrigo, que falleció muy niño, y Carlos que murió al nacer.
Primeros viajes[editar]En marzo de 1505, con veinticinco años, se alistó en la Armada de la India, en la flota de 22 navíos enviados para instalar a Francisco de Almeida como primer virrey de la India. Aunque su nombre no aparezca en las crónicas, se sabe que permaneció allí ocho años y que estuvo en Goa, Cochín y Quíloa. Participó en varias acciones militares, incluyendo la batalla naval de Cananor (Kerala) donde fue herido, y en la decisiva batalla de Diu. En 1509 partió en la primera expedición a Malaca mandada Diogo Lopes de Sequeira, junto con Francisco Serrão, su amigo y posiblemente primo.2 Llegados a Malaca en septiembre, fueron víctimas de una conspiración y la expedición terminó en fuga dejando atrás diecinueve prisioneros. Magallanes tuvo un papel crucial avisando a Sequeira y salvando a Serrão que había desembarcado, actos que le valieron honores y una promoción.
Al servicio del nuevo gobernador, Afonso de Albuquerque, participó junto con Serrão en la conquista de Malaca en 1511. Luego de la conquista de la ciudad, los caminos de los amigos se separaron: Magallanes, promovido, con un rico botín y en compañía de un esclavo adquirido en Sumatra, Enrique de Malaca, regresó a Europa. Serrão partió en la primera expedición enviada a las «islas de la especiería», las Molucas. Allí permaneció y se casó con una mujer de Amboina, volviéndose consejero militar del sultán de Ternate. Sus cartas a Magallanes serían decisivas, pues de ellas obtuvo informaciones sobre la situación de los lugares productores de especias.
Mientras tanto Magallanes, después de participar en la batalla de Azamor (Marruecos), ya de servicio en esa ciudad, fue acusado de comerciar ilegalmente con los moros; al comprobarse varias de las acusaciones cesaron las ofertas de empleo a partir del 15 de mayo de 1514. Posteriormente, en 1515, le ofrecieron formar parte de la tripulación de un navío portugués, pero rechazó la oferta. De regreso en Lisboa, se dedicó a estudiar las cartas más recientes, investigando junto al cosmógrafo Rui Faleiro un pasaje hacia el Pacífico por el Atlántico Sur y la posibilidad de que las Molucas estuviesen en la zona española definida en el Tratado de Tordesillas.
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