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El reconocimiento por dicho invento generalmente se le otorga a Zacharias Janssen en Middelburg, en los Países Bajos. Puesto que Zacharias era muy joven en aquella época, es posible que Hans Lippershey fabricara el primero, pero que Janssen asumió el control de la producción.
Los primeros microscopios compuestos producidos por los Janssen eran simplemente un tubo de 45 cm de largo y 5 cm de diámetro con una lente convexa en cada extremo. Este instrumento llegó a tener entre 3 y 9 aumentos, dependiendo del tamaño de la abertura del diafragma.
Hay una leyenda que dice que Zacharias Janssen, durante su infancia, descubrió el microscopio mientras jugaba con otro niño con lentes dañadas en el taller de Hans Lippershey. Ellos sostenían dos lentes ante sus ojos en dirección a la veleta de la iglesia local y veían como ésta parecía acercarse. Lippershey, por supuesto, vio en este juguete un útil instrumento para hacer dinero y lo bautizó como tubo óptico. Pero esta leyenda podría ser apócrifa, ya que en realidad el origen del microscopio está aún en debate. El diplomático holandés William Boreel, más adelante, testificaría que Lippershey le había robado la idea del instrumento a Janssen, cuando él tenía solo 2 años de edad.
Sin embargo, hay serias razones basadas en la personalidad de Zacharias Janssen para creer que en realidad no es el autor del microscopio, pues tenía reputación de deshonesto, ya que hizo de fortuna a base de falsificar monedas de cobre españolas y luego continuó falsificando monedas de oro y plata.
Gracias al primer microscopio, empezaron a verse innumerables lentes, que no se podían ver antes, y se empezó a estudiar mejor lo que ya antes se veía. Aparecieron nuevos colores, conductos y vasos sanguíneos en todos los cuerpos; aparecieron nuevos seres vivos, en tanta cantidad que excedían en número a los que antes se conocían.